ZAKLADNICA
Gradivo v zakladnici je predstavljeno po tematskih sklopih, ki v splošnem sledijo kronološkemu zaporedju: zgodovina frančiškanov v Ljubljani namreč obsega obdobje osmih stoletij, od 13. do 21. stoletja.
Na začetku muzejske postavitve se nahaja najstarejša srednjeveška listina v zbirki: privilegij (Ad consequendam gloriam) papeža Klemena IV. iz leta 1265, s katerim je redu manjših bratov zagotovil pravico, da v krogu več kot 500 metrov od njihovih samostanov ne sme biti postavljen noben drug samostan, cerkev ali oratorij drugih beraških redov.
Med predmeti iz poznega srednjega veka izstopa polihromiran gotski kip Rožniške Madone iz sredine 15. stoletja, ki je eden izmed izredno redkih ohranjenih gotskih (sakralnih) predmetov v osrednji Sloveniji.
Med bogato pisno dediščino naprej najdemo rokopisne kodekse iz zgodnjega 15. stoletja, nato več rokopisnih fragmentov – tudi z bogatimi iluminacijami –, ki so bili uporabljeni za vezave knjig in zatem velik rokopisni psalterij za korno molitev ter rokopise v hebrejskem in arabskem jeziku.
Sledi predstavitev izbranih inkunabul: samostan jih hrani kar 117, kar predstavlja najbogatejšo zasebno zbirko najzgodnejših tiskov na Slovenskem.
Za njimi so razstavljeni še nekateri drugi starejši tiski, med katerimi velja izpostaviti izjemno rariteto, 2. izdajo temeljnega Kopernikovega dela De revolutionibus orbium coelestium (1566), ene najpomembnejših znanstvenih publikacij novega veka, s katero je soncu dodelil osrednji položaj v solarnem sistemu in zemljo postavil v položaj vrtečega se planeta.
Nato sledijo najpomembnejši slovenski tiski. Med njimi je morda najznamenitejša knjiga v zbirki nasploh: izvod Dalmatinove Biblije (1584) s podpisom Primoža Trubarja – gre torej za Trubarjev osebni izvod.
Med razstavljenimi raritetami je posebnega pomena tudi prva izdaja Prešernove pesnitve Krst pri Savici (1836), ki ji izjemno vrednost daje avtorjevo osebno posvetilo svojemu pravniškemu kolegu, sodniku Josefu Pillmanu. Obenem je predstavljena tudi rokopisna zbirka pesmi Prešernovega sodobnika in prijatelja, pesnika p. Benvenuta Crobatha, ki je nastajala prav med dopisovanjem s Prešernom.
Nekaj predmetov, ki jih hrani zakladnica, ponazarja tudi baročno obdobje. Mednje sodijo razstavljena liturgična oblačila in posodje, poleg tega pa tudi izjemno pomemben, a doslej skorajda neznan vir: kronika Bosna Seraphica, ki jo je leta 1780 zapisal p. Maver Fajdiga (t. i. Fajdigova kronika). V njej opisuje zgodovino frančiškanskega reda na Balkanu, s posebno pozornostjo pa opisuje vse frančiškanske samostane tedanje hrvaško-kranjske province.
Del zakladnice sta tudi dve pomembni etnološki zbirki, ki sta ju osnovala dva slovenska misijonarja: marquettski škof Friderik Irenej Baraga (1797–1868) in misijonar na Kitajskem, frančiškan p. Engelhard Avbelj (1887–1928).
Prva obsega predmete iz vsakdanjega življenja Otavcev in Očipvejcev (indijanci Otazva in Ojibiua na območju Velikih jezer v Severni Ameriki) in njegov slovar očipvejskega jezika. V drugo zbirko pa spadajo različni predmeti iz kitajske kulture in nekaj katoliških tiskov v kitajščini.
Predstavljeno je tudi delo p. Stanislava Škrabca (1844–1918), očeta slovenske fonetike in enega največjih slovenskih jezikoslovcev nasploh. Ko je moral slednji pred vihro soške fronte med prvo svetovno vojno pribežati v Ljubljano, je s seboj prinesel svoje izvode platnic revije Cvetje z vrtov sv. Frančiška, kamor je zapisoval svoja jezikoslovna dognanja. Posebno vrednost tem izvodom daje dejstvo, da vsebujejo avtorjeve rokopisne komentarje.
Prvo polovico 20. stoletja predstavljata dva predmeta uglednega slovenskega arhitekta Jožeta Plečnika, ki je bil sicer tudi član Frančiškovega svetnega reda. Njegova znamenita rdeča monštranca, zasnovana prav za frančiškansko cerkev v Ljubljani, velja za eno njegovih najpomembnejših del na področju liturgičnih predmetov. Pod njo se nahaja eden od dveh unikatnih šahovskih kompletov, ki ju je zasnoval mojster Plečnik; razstavljeni je bil prav tako narejen za ljubljanske frančiškane.
Muzejska postavitev se sklene s tematskih sklopom, ki je namenjen predstavitvi zahtevnega obdobja druge svetovne vojne, ko so se tudi frančiškani znašli v težavnem položaju med dvema, v državljansko vojno vpletenima stranema. Razstavljenih je nekaj izjemno redkih medvojnih tiskov in dokumentov, nad katerimi visita dve zastavi: originalna zastava kraljevine Italije, ki je plapolala na samostanu v času italijanske okupacije (1941–1943), in kopija stare slovenske zastave, ki so jo slovenski odporniki že med vojno obesili na zvonik cerkve.