Avguštinci so se naselili v Ljubljani leta 1314 pri cerkvi sv. Martina pred Špitalskimi vrati; konec 15. stoletja so se pred turško nevarnostjo umaknili v mesto k cerkvi sv. Jakoba, opustošena cerkev sv. Martina pa je bila leta 1494 podrta. Leta 1553 je bil samostan pri Šentjakobu spremenjen v cesarsko ubožnico, avguštinci pa so se bili prisiljeni odseliti na Reko. Ob vrnitvi v Ljubljano na začetku 17. stoletja so se spet naselili na prvotnem kraju, kjer so v letih 1623–1628 postavili novo cerkev Marijinega oznanjenja, ki pa so jo že leta 1645 podrli in z donacijo barona Konrada Ruessensteina v letih 1646–1660 zgradili današnjo stavbo. Sezidal jo je kranjski deželni stavbenik Francesco Olivieri; po njegovi smrti 1655 je vodil gradnjo Francesco Rosina. Cerkev sestavljata pravokotna banjasto obokana ladja, ki jo spremljata vrsti nižjih bočnih kapel, in dolg ravno zaključen prezbiterij, v katerem je nekoč stala loretska kapela – nazareška hišica, posvečena leta 1669. Cerkev še ob posvetitvi leta 1700 ni bila v celoti dokončana: glavno, južno fasado je dobila po letu 1704, zvonika v stiku ladje in prezbiterija pa sta bila do vrha pozidana okoli 1720.

Od osmih kamnitih stranskih oltarjev je najstarejši oltar sv. Valentina, postavljen leta 1681 in pozneje povečan; slika v njem (ok. 1733) je delo Valentina Metzingerja, ki mu je pripisana tudi Žalostna Mati božja v kapeli sv. Frančiška. Oltar sv. Treh kraljev je leta 1690 naredil Mihael Kuša, slika je poznobaročno delo Andreja Herrleina. Oltar sv. Paskala Bajlonskega (prvotno sv. Nikolaja Tolentinskega), postavljen leta 1701, krasita marmornata kipa Karla Velikega in sv. Karla Boromejskega, delo še neidentificiranega beneškega kiparja, ki je s kipoma sv. Antona Puščavnika in sv. Roka dopolnil tudi oltar sv. Valentina, njegove pa so bržčas tudi plastike Boga Očeta ter nadangela Gabrijela in Marije na fasadi. Slika v oltarju sv. Lucije, Apolonije in Agate iz leta 1702 je pripisana Jožefu Ferdinandu Fromillerju, oltar dopolnjujeta mlajša baročna kipa sv. Kozme in Damijana. Kiparski okras oltarja sv. Križa ob slavoloku je pripisan Henriku Mihaelu Löhru. Glavnina velikega oltarja, ki je bil postavljen pred fasado loretske kapele pod slavolokom in leta 1896 prenesen k zaključni steni prezbiterija, je delo Francesca Robbe. Oltar je bil narejen iz zapuščine Filipa de Giorgia; prvo pogodbo zanj je sklenil Luka Mislej leta 1726, novo pa Robba 1728, vendar je bil oltar večinoma izdelan šele v štiridesetih letih, po Robbovi smrti pa ga je leta 1760 dokončal kamnosek Anton Fritsch. Kipa sv. Filipa in sv. Zofije, patronov donatorja in njegove žene, sta Robbova, avtor plastik sv. Avguština in sv. Tomaža Villanovskega iz leta 1760 ni znan. Lesena prižnica iz ok. 1770 je delo frančiškanske rezbarske delavnice.